現時大部分過境旅行團都會使用深圳灣作過關口岸。本港直通巴士業界表示,相對其他陸路口岸,深圳灣吞吐量大,而且通道內亦無過境巴士爭路,輪候時間變相較短。此外,深圳灣為現時兩地唯一實行「一地兩檢」的陸路過境口岸,過境旅客過關時間短,因此亦成為旅客選用深圳灣的原因之一。
中港澳直通巴士聯會秘書長陳家彝表示,深圳灣經深港西部通道可直達新界西北部,該處交通流量少,較少塞車,因此不少直通旅遊巴士都選用深圳灣過關來港。輪候時間方面,皇崗口岸有「皇巴」長駐,不時接載乘客通過口岸,令交通流量大增,間接影響直通巴士的輪候時間,至於深圳灣則無皇巴,變相交通較為暢通。
陳指出,直通巴士於深圳灣的輪候時間約半小時,若在皇崗口岸,特別為早上及晚上等繁忙時間,普遍輪候時間超過兩小時,「就算公司想搵人揸車過皇崗,都唔係咁易,因為佢哋覺得嘥時間!」因此現時本港大部分直通巴士公司為縮減輪候時間,都會選用深圳灣作為主要的過關口岸。