馬英九處理釣魚島主權及南海主權爭端有十六字箴言「主權在我，擱置爭議，和平互惠，共同開發」，馬英九之意乃不必為歷史遺留下來的主權爭議動干戈，而是着重在共同開發，在石化及食物資源日益匱乏，而釣魚島海域及海床的資源四十年來並無人開發，面對這龐大資源就應共同開發，資源共享，這是最符合各方利益之準則。
兩岸間的保釣人士，尤其大陸人民因保釣問題激起了強烈的民族主義情結，反日風潮在各地展開，在這情緒的發洩，政府能否掌控以免轉化為暴民行為。日本也提出了冷靜處理，平復激情，此與馬英九提出的和平解決釣魚島紛爭不謀而和，馬英九更提出要訴諸國際法庭解決釣魚島主權爭議。
然如何提出引起了探討，釣魚島的三方，中、日、台同時聲稱擁有釣魚島的主權，三方是否有共識願提到海牙國際法庭來處理？
更棘手的是此引發了兩岸隱晦未發的主權問題，究竟誰有代表性來提出，北京已稱「兩岸同屬一國」，國際現實是這「一國」即是中華人民共和國，北京一方面決不可能讓台灣出面交國際法庭以彰顯中華民國主權存在的事實，另一方面中共對國際法庭向來抱不信任的態度也不接受其管轄權，中國有絕對的自信處理自己的事務，就算北京政府願交國際法庭，又如何平息大陸民族主義高昂的情緒？
台灣則因非聯合國的會員國，且不被承認為主權獨立的國家，無法出現於國際法庭之前，馬英九為國際海洋法專家，學術理論至佳，但面臨政治現實的問題，執行起來有困難。
聯合國核心機構的國際法庭將如何處理此一棘手問題？皆因在理想與現實之間實有巨大差距。