南韓和日本的關係一向很微妙。在朝鮮半島核問題上他們站在一起，共同反對金正日、金正恩政權發展核武器、進行核試驗，對此他們共奉美國為「大佬」，六方會議中，美日韓是共同行動的一方。
然而，韓日之間存在着對獨島（日本稱竹島）的主權之爭。從民族感情、歷史傷害而言，日本曾野蠻統治南韓，令南韓人民苦難深重。不過，對這段歷史罪孽，日本像對其他亞洲國家一樣，未對南韓做過真誠的道歉，未反省自己的戰爭罪行，對此南韓一直耿耿於懷。最近那個經常口出狂言、胡說八道的日本東京都知事石原慎太郎又說「當年韓日合併是南韓人自願的」，就引起南韓朝野的強烈不滿。這說明日本對當年侵害和奴役南韓毫無悔歉之意。
根本而言，日本的國策和外交戰略，是不希望已經成為「世界第八經濟強國」的南韓繼續發展的，更不希望看到南韓和北韓的統一——不管誰統了誰，日本都不希望，都會認為一個統一的南北韓會是日本最大的威脅。以民族性而論，南韓、北韓對日本的態度比亞洲其他國家強悍許多，對此日本是有領教的，也是深有顧忌、不寒而慄的。
最近，南韓總統登上獨島宣示主權，對日本「刺激很大」，但又沒有甚麼辦法做出有效反擊。美國人在獨島問題上不會幫日本，可說是真正的「中立」、「沒有立場」。沒有美國的支持，日本只能乾瞪眼。
最近日本民調顯示，百分之四十八的被訪者要求日本政府「強硬對付，包括經濟報復」南韓。然而，以目前和過去二十年兩國經濟的狀況，「衰咗」很久的日本是沒有多少本錢和能力「經濟報復」南韓的，這樣幹只會對自己更加不利，得罪了南韓，日本在東北亞會完全孤立。