台灣與日本淵源深厚，日本曾佔據台灣半個世紀，台日關係亦是台灣外交重要的一環。馬英九上台後，任命愛將馮寄台為駐日代表，維持與日本的良好關係，不但在外交上，更求經濟上的突破，期待盡早簽訂自由貿易協定，以深化台日經濟合作。
中國大陸崛起之後，超越了過去美國和日本，成為台灣最重要的出口市場。但是，日本仍是台灣的貿易對象中名列第三的出口市場，也是最大的進口市場，以及台灣最大的貿易赤字來源，去年的貿易赤字達到三百三十九億美元，侵蝕掉不少貿易盈餘，如何平衡台日關係逆差，一直是台灣朝野關切的重大經貿問題。近年來，台灣對大陸出口激增，後者成了台灣最大的出口地，也是貿易順差的來源，平衡了與日本的貿易逆差，因之台灣以突破日本市場作為改變貿易現狀的標準。
馬英九在接受日本媒體訪問時強調，現時是台日關係四十年最好的時刻，台灣不希望因釣魚島問題與日本交惡，所以主張「主權在我，擱置爭議，共同開發」，希望大家都以和為貴，設法以和平方式來解決爭拗；而台日有默契，台灣不會聯中保釣。馬英九向日本釋出了強烈的訊息，此所以台灣在這次保釣宣示主權的活動中意外地缺席。
然而，台灣的民情對保釣並不如此和平，更有輿論稱南韓總統可以登獨島，俄羅斯總統可以登南千島群島，為何台灣總統不可以登釣魚島？過去作為保釣急先鋒的馬英九，如今變成領導者便有不同的思考，故而在保釣的爭議中與美日站在同一陣線，以求和平再保證，不願被捲入戰端。
馬英九民望低落，施政不滿意度超過六成，或許他在保釣問題上對日本硬起來，將獲得民眾的大力支持。