神九和天宮一號將進行兩次交會對接，第一次為自動對接，第二次由航天員手控對接。兩者形成組合體後，航天員將經連接通道進入實驗室生活和進行科學實驗。
考手眼協調心理質素
神九飛船系統總指揮何宇表示，航天員進行手控對接，即由乘客變成司機，等同開太空船，要控制太空船姿態、方向和速度。中國航天員科研訓練中心主任陳善廣說，手控對接要求一次成功，如空中加油機加油，要求極高，考驗航天員的判斷力、手眼協調、心理質素等。
中國首次載人交會對接任務測控通信指揮部飛控組組長麻永平指，飛控中心今凌晨起會對神九進行五次變軌操控，令其到達距天宮一號後下方五十二公里，明早十一時起實施自動對接。