日期 事件
2003年10月 沙士襲港導致一千七百多人受感疫，沙士專家委員會報告批評醫療體制有缺失，當時衞生署署長的林秉恩在電台上向公眾致歉，承認醫管局與衞生署欠協調，未能妥善處理疫症。
2003年至2006年 林秉恩以《不良醫藥廣告條例》法例，向《東方日報》及《太陽報》發出警告信，甚至提出控告，但同樣廣告在其他報章刊登時，衞生署卻視而不見，林秉恩被議員批評選擇性執法。
2005年5月 有西醫懷疑配錯藥令至少兩名病人死亡，有病人組織指醫院收集多名同類病人資料才向衞生署呈報，令當局延遲追查，批評衞生署呈報機制有問題。
2006年3月及7月 富山殮房發生兩宗認錯遺體燒錯屍事件，林秉恩被批處理不善。
2008年2月 衞生署未有嚴打問題中成藥，至少三十七名男子誤服壯陽藥「中招」，至少兩人賠上性命，外界批評林秉恩監管中成藥制度形同虛設。
2009年3月 歐化藥業生產的痛風藥被揭發含毛霉菌，導致八名病人死亡，包括一名六歲大的血癌男童，林秉恩被批監管藥廠不力。
2009年9月 醫療輔助隊為幼兒補種肺炎球菌疫苗計劃發生派錯退燒藥事件，有過百人受影響，林秉恩承認安排有誤而可能導致出錯。
2010年6月 政府花費二億三千七百萬元購入三百萬劑人類豬流感疫苗，但二百八十萬劑因過期而需銷毀，衞生署署長林秉恩被轟嚴重錯判疫情。
2010年10月 沙田富山殮房有員工劏錯屍，一周內瑪嘉烈醫院有外判員工棄置嬰屍在殮房門外發臭，林秉恩被指管理不善，令殮房管理亂象多年來沒有改善。