2012年5月 新政府總部外地磚凹凸不平,易絆倒途人,亦使視障人士易與盲人引路徑產生混淆,港府要翻新地磚。
2012年5月 大樓東翼水渠維修,「洪水」如瀑布由後樓梯湧出。
2012年5月 一名保安員在行政長官辦公室門外懷疑滑倒,撞傷頸部,送院治理。
2012年5月 一名保安員在總部外站崗四十五分鐘後疑中暑不適,送院治療。
2012年4月 黃雨下大樓東翼多處滲漏,職員需放置水桶裝水。
2012年4月 黃雨下外牆牆身及對開行人天橋上蓋多處滲漏。
2012年1月 立法會大樓空氣被驗出含有毒性總揮發性有機化合物(TVOC)超標,連同清潔退伍軍人桿菌,港府花近三十萬元消毒。
2011年12月 總部多處驗出退伍軍人桿菌嚴重超標,教育局局長孫明揚中招入院。
2011年11月 總部東翼大樓地下一塊鋁製假天花塌下,一名保安員被砸傷。
2011年10月 一名技工在立法會大樓地庫停車場維修指示燈箱時疑觸電墮地,三日後傷重不治。
2011年10月 接駁新政府總部的天橋升降機及扶手電梯採用透明玻璃設計,淪為走光黑點。
2011年8月 一名警察搜查隊探員於總部西翼大堂門外假天花安檢時,誤踏「豆腐渣」木板墮地,肋骨插爆肺險死。
2011年8月 新政府總部大樓及行政長官辦公室外牆,被揭多處有漏水問題。