馬英九在選舉時曾表示，勝選後將促使兩岸簽訂和平協議，選後即說他沒有連任壓力，只有歷史評價的問題，讓人對他的兩岸關係發展充滿了期待。
國民黨的智庫揣摩上意，趕忙提出台灣未來發展願景的報告，包括簽兩岸和平協議，但沒有得到馬英九的附和。馬英九強調有關和平協議已經把條件說得很清楚，一定要在「國家需要、民眾支持、國會監督」下，其中民意支持就要透過公投凝聚共識。馬英九對和平協議的層層設防，使得簽和平協議成了不可能的任務。馬英九對智庫提出簽和平協議，定會深覺「其實你不懂我的心」，至於馬的歷史定位想的是甚麼，則是「不能說的秘密」。
馬英九認為兩岸簽署了十六項協議，就是廣泛的和平協議，其實這些協議包括ＥＣＦＡ都是經濟議題，而和平協議是政治議題，兩者或有延伸，但絕對是不同屬性的協議，且不能有排他性，台灣在經濟議題上受惠，不可能不進一步觸及政治議題。馬英九在獲利後回絕了政治議題，北京當今如何看待？豈不認為馬英九賴皮，將經濟協議當政治議題來搪塞民眾的期盼。
馬英九所謂的兩岸和平關係制度化，又稱不是和平協議，但沒有政治談判如何達致兩岸和平關係制度化，只有經濟繼續向前而迴避政治可行嗎？尤其陸委會主委賴幸媛最近於美國強調「中華民國是主權獨立的國家，大陸應務實面對中華民國及兩岸關係的現實」，北京扶馬連任一程路，現馬反逼大陸承認中華民國，讓北京點滴在心頭。和平議題看似馬的競選策略，收放自如，但台灣不可能永遠只要而不給。