馬英九連任成功，支持他的美國馬上來要回報了，要求台灣購買美國的牛肉。根據「維基解密」透露，陳水扁曾向美國在台協會承諾，會在○八年五月二十日政權交接之前開放，未料其後他以「看守政府恐遭國民黨杯葛」為由食言。一個小小的「美牛」問題，一直是美台關係焦點。
美國要霸主觀念，想要的東西一定要得到，否則就給你麻煩，實際上，這也曾是馬英九政府的棘手問題。○九年馬政府曾宣布開放措施，旋即引發政治風暴。台灣衞生署基於美牛存在致病風險，一直對全面進口持保留態度，這使衞生署與國安會意見分歧。○九年三月，馬英九知美方「快要失去耐心」，便於十一月與美簽訂《美國牛肉輸台議定書》，但遭立法院強烈反對，藍營立委也不支持。
當下，馬英九的難題是，美方暗示不解決美牛問題，美台《貿易與投資架構協定》（TIFA）就沒有。自然，TIFA沒有，馬英九在當選後承諾要盡快加入的TPP也是畫餅。另一方面，馬英九政府還有和大陸解決兩岸ECFA未簽的四項協議問題。台灣有學者認為，每次當兩岸關係要快速改善時，美方總會來那麼一下，相信馬英九急於解決美牛的表態是受美壓力。事實上，○九年的美牛風波，背景也是兩岸ECFA有突破，要正式展開談判，於是美方來了那麼一下。
平實而言，美國即使不從圍堵中國的大戰略出發，僅從經濟角度考慮，也不希望兩岸經貿整合過快。自然，馬英九會耍小聰明，當會明急TIFA，實要ECFA。不過，北京也不是省油燈，會以經逼政。