在選舉進入敏感的百日之戰，國民黨「馬吳配」的民調已和民進黨拉開，超出民進黨「英嘉配」七到九個百分點，向勝利的道路邁進，在此階段應穩紮穩打，求平安過關。
但馬英九卻在此時拋出兩岸簽和平協議的高度敏感議題。民進黨的選戰正陷於副手蘇嘉全及其家人房舍風波的漩渦，難以自拔，馬英九此舉讓民進黨得以轉移選戰的焦點，跳出泥淖，並攻擊草率提出「和平協議」，不尊重民意、不理會立法院的監督。
馬英九或許認為理據稍有不足，因之，又拋出「公投」說，要公投過關才推兩岸和平協議。於是，掀起藍綠選民的爭議，也為政壇投下巨大變數。
「公民投票」在民主國家認為是彰顯民意的手段，但在台灣藍綠統獨的爭議下，公投成了最敏感的議題。因為過去公投一直是民進黨的主張，並用來推動台灣前途歸屬的依據，國民黨一向視為「洪水猛獸」，力抗力阻之。現國民黨卻自己跳出倡公投，讓人覺得錯愕，這舉措是否經過深思熟慮，或是為搶選票的權宜之計？
兩岸和平協議是個不可能落實的選舉議題，盱衡主客觀環境就知現時尚不可行，不過是為選戰而用，消費和緩的兩岸關係而已。
國台辦主任王毅強調應珍視兩岸共同政治基礎，海協會會長陳雲林也指兩岸應先結束敵對狀態，兩岸事務應先經後政，先易後難。兩岸事務應務實理性，而非炒短期取利益。
民進黨對此事反應激烈，認為過去民進黨政府推動要求中國撤導彈公投，北京認為這是「法理台獨」，而質疑北京會接受「和平協議公投」嗎？未料竟反將民進黨一軍，說出了公投不可行的認知。