目前本港大部分船隻使用柴油，有研究更顯示多貨輪停泊的葵青區沿岸空氣質素特別差，有十八間船公司自願簽署憲章，在貨櫃碼頭停泊時會改用低硫柴油，減低船隻廢氣排放。
船隻使用的柴油含硫量可達百分之四點五，燃燒後排出的廢氣直接污染空氣。香港科技大學大氣研究中心於○九年發現，葵青區沿岸的空氣含二氧化硫達每立方米四十微克，比周邊其他地區高出一倍，超出國際衞生組織的人體健康可接受水平。研究指出，二氧化硫的排放源頭是船用燃油，主要來自進出港口船舶活動。
雖然目前本港未有法例規定船隻使用環保柴油，但已有業界開始注意到污染問題，去年至今，共十八間船公司簽署為期兩年的環保憲章，由今年起，參與的船公司在本港停靠時，都會自發轉用含硫量百分之零點五的低硫柴油。