派位機制已非首次涉及歧視，早於九九年，平等機會委員會的公開升中派位制度調查報告質疑，當時的男女生分隊派位升中機制，有歧視女生之嫌，最終因教育署死不認錯，平機會被迫提出司法覆核，法院最終裁定升中派位制度違反《性別歧視條例》，迫使政府於○二年起採用男女生混合制派位。
平機會當年因接獲多名家長投訴，指其女兒的小學成績明顯優於同校男生，但升中派位結果卻普遍較男生差，質疑涉及性別歧視。九九年八月，平機會公開調查報告，指沿用多年的升中派位制度在三方面對女生不利，包括以不同的「性別曲線」調整男女生的校內分數、男女生分成兩隊按不同成績評級、及男女校按固定男女比例收生。結果，女生即使成績較優異，成功入讀心儀學校的機會較男生為低。
報告公布後，社會嘩然，但教育署堅持無錯，不允改善派位制度，迫使平機會於○○年入稟高等法院申請司法覆核。
最後，高院裁定升中派位機制違反《性別歧視條例》，當時的主審法官更在判詞中批評，教育署只看見「群體的公平」，卻對個別男生或女生的個人權利視若無睹，令他們因性別理由，而在升中時吃虧。