藥物進入身體後，除了會於目標器官或組織產生治療效果外，亦往往會影響其他地方而產生副作用。換句話說副作用即是治療目的以外的藥物反應，有時會與藥物的機理息息相關。副作用不一定是不良反應，有些副作用甚至反客為主，成為該藥物的主要用途。
抗組織胺類藥物一般是用來抗敏感、收鼻水，舊式抗組織胺都有令人昏昏欲睡的反應。我們既可視之為副作用，亦可善用它們此特性，讓生病或痕癢的病人更易入睡。
現在用於治療肺動脈高壓症的昔多芬，原本是研究來治療心絞痛的，雖然昔多芬對心絞痛的療效不大，但研究人員在臨床實驗中意外地發現此藥能明顯幫助陰莖勃起，令昔多芬成為首種治療勃起障礙的口服藥物。同樣地，本來用作降血壓藥物的Minoxidil，由於在臨床應用時發現服用者往往都出現毛髮增多而濃密的副作用，後來才被研製成治療遺傳性脫髮的外用藥水，成為此藥的主要用途。
作為治療青光眼的選擇之一，類前列腺素眼藥水並不算是新藥，但近年有藥廠巧妙地利用了這類藥物影響眼睫毛長度和濃密度的副作用，推出了針對眼睫毛生長的產品，使副作用成為賣點。其實，所謂藥物副作用只是期望以外的藥效，雖然往往不受病人歡迎，但偶爾副作用卻是我們發現新治療方法的契機。
香港醫院藥劑師學會 藥物教育資源中心