落馬洲支線管制站除了發生昨日的壞閘事件外,早在○七年支線通車首日,亦曾因安排不當,令乘客混亂不堪。落馬洲支線管制站於○七年八月十五日通車,當時九廣東鐵為了疏導乘客,在上水站月台地上畫上藍色和綠色排隊區,藍色往羅湖,而綠色則往落馬洲支線,此舉令乘客誤以為只有在上水站才可以轉車前往落馬洲,令大批市民湧到上水乘搭頭班車。
另一方面,由於落馬洲管制站與落馬洲支線管制站的名稱相似,大批乘客無法分清兩處地方,在通車初期,部分旅客搭巴士到落馬洲管制站後,誤以為可以直接經火車站過關,惟下車後才發現兩站距離相隔千米。此外,有乘客亦曾投訴列車終點站的指示不足,不清楚列車前往羅湖還是落馬洲方向,不少乘客上車後才發現「搭錯車」,非常混亂。