海基會是台灣在兩岸開始互動時成立的白手套，專責與大陸交手。走過汪辜會談的盛況，經歷了民進黨執政的沒落蕭條，到二度政黨輪替，海基會又承重命，再度活躍。兩岸關係風風雨雨，海基會搭起溝通的橋樑，也曾備受政治洪潮的衝擊。海基會已有二十年歷史，在兩岸關係平穩發展的今天，正是轉型之時。
○八年國民黨重新執政，海基會再度打開兩岸協商的大門，得以正式浮上枱面。兩岸互動總有靈活的機制進行，過去兩岸關係緊張之際，傳聞蔣經國糖尿病重，北京名醫便曾奉上至珍藥品；李登輝時代，兩岸的密使成了媒體頭條新聞；民進黨執政，國共之間互通款曲，開了一屆又一屆國共論壇，完成多項協議，讓當時執政的民進黨抓狂，也讓台灣迎來了二次政黨輪替的歷史洪流。
海基會在民進黨執政時形同虛設，走入低潮，且傳出面臨裁撤的命運。後來，國民黨重新掌權，海基會重現生機，於兩岸間肩負重任。
經歷了多項協議的簽署，兩岸各個部會的溝通也愈發頻密，更轉入專業範圍。馬英九政府上台後，台灣官員可以正式的職銜上談判桌。不過，面對專業問題，海基會成員已沒有能力參與談判，如近期成立的兩岸經合會，其組織架構已超越海基會的功能。海基會對兩岸和平有極大貢獻，但隨着兩岸情勢轉變，其影響力勢必逐漸式微。現在，海基會已開始積極運作兩岸互設辦事處，為轉型做準備。
海基會必須在轉型中尋求更大突破與發展，否則，馬英九認為未來海協、海基兩會不必定期開會，豈不宣告海基會將壽終正寢，淡出歷史舞台？