兩岸慶賀新年元旦，兩岸關係成為一個重要的議題。胡錦濤在元旦致詞中，提出了久未提及的堅持「和平統一、一國兩制」，他稱要把兩岸關係和平發展主題繼續推動下去，乃兩岸交流合作的立場。
馬英九的元旦文告題為︰「壯大台灣，振興中華」，對眾所關切的兩岸關係提出了「百年和平」的期許，並立下宏願︰「未來一百年，中華民國要做華人世界的民主模範，台灣經驗應可作為中國大陸未來發展的借鏡」。
回顧中華民國初始的半個世紀陷入戰火紛亂的漩渦中，國民政府遷台後也走過白色恐怖，許多人為追求民主付出了代價，讓台灣成為亞洲第一個民主共和，透過一步步的民主選舉機制，達到總統直選的最高目標，以及政黨輪替創造了寧靜的革命，這是台灣的驕傲，也是民國百年的成就。但民主還有未盡人意之處，兩岸的分裂分治，統一無期，正如孫中山先生所言「革命尚未成功，同志仍需努力」！
馬英九的總統文告指出，兩岸間不應是政權之爭，不應是統獨之爭，而應努力在自由、民主、人權、法治等核心價值上，彼此激勵，相互提升，而大陸的人權指標是測量與拉近兩岸距離的指標。
面對北京頻頻出現的統一號召，馬英九回應台灣維持不統不獨不武，並以「台灣為主對人民有利」來發展兩岸關係，「台灣的前途由二千三百萬人自己決定」，此與綠營的「住民自決」說法脗合。
馬政府逐漸塑造藍綠共識，且以自由民主人權作為對大陸的期許，但綠營對此卻不領情，稱此乃為騙選票。北京是否呼應馬英九的號召，以縮短兩岸差距，將是今後兩岸的拉鋸戰。馬英九的目標乃創造台灣百年盛世，但不凸顯百年統一的進程。