《基本法》第四十八條：「香港特別行政區行政長官行使下列職權：……決定政府政策和發布行政命令……」這是行政長官最重要的一項行政管理權，亦是行政長官領導香港特區政府和執行《基本法》及其他有關法律的基本行政行為和重要途徑。
《基本法》內並沒有明文規定行政長官擁有何種「行政命令」的決定權，惟坊間普遍認為，「行政命令」是一種超越法律的指令，因此常常被人批評「行政命令」等同於立法，是以一己命令凌駕法律的行為。亦因此，行政長官在運用「行政命令」的時候，必須要有充分的理據和審視民間對命令的反應，避免引起燎原之火。
近年來，涉及行政指令的最典型例子，就是二○○五年有關行政長官簽署《執法（秘密監察程序）命令》的爭議。其時，行政長官基於「公眾利益」的前提下，簽發「行政命令」允許多個執法部門執行秘密監察和截取訊息。有意見認為，有關命令違反了《基本法》的三十條「香港居民的通訊自由和通訊秘密受法律的保護」的條款，結果引起社會嘩然，遭致法律界人士和立法會議員的抵制和提出司法覆核。
其後，法庭判民間司法覆核勝訴，有關行政指令在半年後被撤銷。但有傳言說，特區政府對此心有不甘，認為行政權力被剝削，特區政府的立場是：「行政命令」並非無視《基本法》，正正是因為《基本法》體現了「行政主導」這一個香港政治體制的指導思想，「行政命令」有存在的必要。惟對於立法會議員來說，「行政命令」助長行政長官的權力，不利三權分工。