環評報告指，香港機場西面水域有兩個重要的海豚活躍區，包括沙洲、龍鼓洲海岸公園及大澳半島至分流附近的水域，建造及營運香港接線難免導致海洋棲息地的損失，並可能對水質構成潛在的影響；而香港口岸對中華白海豚的棲息地就造成中度影響。至於屯門至赤鱲角連接路工程，更會導致四十七公頃的海豚、珊瑚及漁場永久消失。

香港海豚保育學會會長洪家耀表示，有二百條中華白海豚受港珠澳大橋影響，擬建的大小磨刀洲海岸公園範圍未定，估計要比消失了的四十七公頃棲息地大好幾倍，才足以補償。

團體促落實建海岸公園

世界自然基金會則敦促政府在大橋完工前，立即落實闢建西南大嶼山及索罟群島海岸公園，並將海豚經常出沒的大澳一帶水域，亦劃為海岸公園。

港珠澳大橋香港工程管理處處長鄭定寧謂，會每天灑水八次以控制塵埃排放，並且避免用撞擊式的建築方法，以免嚇走海豚，如果施工時發現海豚，亦會暫停工程。而在海豚繁殖期，則會採用氣泡屏障，減低噪音傳導到水中。鄭定寧又指，大橋工程對東涌的空氣質素、噪音、水質等，都沒有顯著影響。