葉金川堪稱馬英九的愛將，在關鍵時刻總不忘提攜葉金川，葉金川對馬英九也赴湯蹈火在所不惜。這本是兩人之情誼，他人無從置喙，且葉金川在醫療專業上的確表現出色，但葉這次辭官參選在台灣引起相當大的反彈，葉金川與馬英九被一同綁在箭靶上了。

葉金川於沙士期間成了「抗煞英雄」，人人稱頌，他與花蓮的一段情誼，要從葉自健保局黯然下台後說起，當時花蓮的慈濟大學聘用了他，花蓮成了他感情歸屬的第二故鄉，一心一意想為花蓮做點事。

馬英九當選總統之後，提拔葉金川為總統府副秘書長，後接任衞生署長，今年台灣在世衞大會上終有機會成為觀察員，葉金川在瑞士歷史性的演說，完成了巔峰任務，卻因為回嗆示威的台灣女子，也被輿論熱烈探討是否有失官員風度。

花蓮一直是國民黨的天下，但馬英九堅持要形象清新的候選人。今葉金川上任衞生署長僅十個月，馬英九要他去競選花蓮縣長，被認為是馬英九的最佳救火員。葉金川的抉擇也引來議論，面對日益嚴峻的新型流感，民眾還是期待對防疫有經驗的他繼續留任，為全民的健康福祉而努力。

葉金川在馬英九的期許下披選舉戰袍，竟成了「落跑署長」，雖然府院口徑一致宣傳葉金川對花蓮的熱愛，強化與花蓮的聯結，但國民黨度身訂造的黨內初選一再遭到非議，無論當選與否，都讓葉金川未選先輸了形象，也考驗馬英九接任黨主席後在選舉策略上的運作。