過去國民黨經常批評陳水扁總統兼任黨主席，集大權於一身，如今馬英九不忌諱走陳水扁的老路，當了總統後回頭接任黨主席，黨政一把抓。馬英九如此堅決地雖千萬人亦往矣的決心，乃不讓府院黨成為多頭馬車，全部歸於自己手中，有利於施政理念的貫徹。更重要的是，想要徹底地改革長久以來受黑金派系沉積的國民黨，同時他也不想再讓兩岸事務由國共兩黨牽着鼻子走，更何況經濟議題的開放已到了一個階段，不想兩岸太快進入政治議題的探討，因為台灣內部還未凝聚共識，甚而談兩岸簽訂和平協議都為時太早。
馬英九已正式報名參選黨主席，同時以「改革‧團結」作為這次參選黨主席的重要政綱，強調未來將加強黨政合作，走向「以黨輔政」，而非「以黨領政」，如遇重大政策及預算，在行政立法兩院接觸前，都要先展開非正式溝通，希望在他就任黨主席後，能消除黨政間時有出現的縫隙。
在民主體制中應黨政分際，因此台灣有五成五的民眾不贊成馬英九接任黨主席，不希望走民主的回頭路，而國民黨內不同意的聲音也隱藏於各層面，但在馬英九系統的運作下，已無人出來挑戰馬英九，同額選舉成為馬英九參選的獨腳戲。
馬英九團隊當初求好心切，要求黨籍立委每人必須找五百人連署支持馬英九選黨主席，但地方的反應超冷，國民黨組發會將於各縣市籌辦黨主席及黨代表候選人公辦參選說明會，希望有助於利用黨代表的選舉拉抬黨主席的選情。
國民黨即將在九月黨大會選黨代表，也同時由黨員直選中常會。中常會是黨的決策機構，一年一任，削弱了其權威性，所以黨中央希望黨代表、中央委員的選舉，能帶動對黨主席選舉的熱忱，以衝高得票率。當年連戰選黨主席得票率高達百分之九十一點七，馬英九可超越嗎？