世界衞生組織由四月三十日開始改稱豬流感為H1N1甲型流感，原因是把最新流感大流行的病毒稱為豬流感純屬誤會，這病毒根本就是不折不扣的人類病毒。最初有此稱謂，只因基因排序分析發現新病毒含亞洲、歐洲及美洲豬流感病毒基因成分而已，即這病毒的幾位祖先是豬流感病毒，但有這些祖先的新病毒，未必直接來自豬隻。
除了命名與事實不符外，錯誤命名已導致實質經濟損失。埃及枉殺三十萬頭豬，明顯是錯誤以為殺豬便可杜絕這全新流感；該國活禽業已由於禽流感H5N1肆虐而大受打擊，現在養豬業亦蒙受重創，農民不滿程度可想而知。至於重災區墨西哥、美國及加拿大的豬隻及豬製品亦在多國被禁，養豬業損失慘重。美國政府受壓，於四月二十九日單方面更改稱謂為二○○九年H1N1甲型流感；世衞翌日進一步簡化為H1N1甲型流感。
以傳訊角度而言，這是差劣的改變。因為H1N1甲型流感早已存在，於一九一八年首次出現，最近在香港頗為流行的一種「布里斯班」型流感病毒，亦屬H1N1型流感，新舊病毒用同一稱謂，極易引起混淆。
合適的名稱應是「墨西哥流感」，就像把一九一八年的大流行病毒稱為「西班牙流感」及一九六八年的稱為「香港流感」一樣。據聞由於墨西哥強烈抗議，美洲各國對把病毒名為美洲流感亦表不悅，才出現這「唔湯唔水」的妥協。這妥協滿有世衞總幹事「雞珍」陳馮富珍手筆的影子。○三年她是香港的衞生署署長，曾要求世衞不要叫沙士做SARS，因為SAR是「特別行政區」的簡寫。