大報恩寺是明成祖朱棣下令重建，因為由三國孫權始建的建初寺，南朝改稱長幹寺，宋朝改稱天禧寺，元朝改稱慈恩旌忠教寺，到明初遭焚毀。
朱棣在位期間，勵精圖治，盛極一時，被歷史稱為「永樂之治」，文韜武略，有大氣魄，定都北京，修建紫禁城，又在南京重建遭火焚的慈恩旌忠寺，並改名大報恩寺，表面是紀念他父親朱元璋及王后，其實是報答生母碩妃的大恩。
大報恩寺的氣勢有多宏大？紫禁城歷時14年建成，大報恩寺需時19年才竣工，而且，朱棣報母恩心切，工程由鄭和與工部侍郎黃立恭合力督工，參加施工的工匠、軍役共10萬人，所有殿宇都按照王宮規格而建，建築費用龐大，鄭和下西洋所餘尾數都撥作建寺之用。
鄭和下西洋舉世聞名，由他監製的大報恩寺更加出名，與萬里長城、羅馬大鬥獸場、意大利比薩斜塔……並列為世界中古七大奇迹。鄭和下西洋帶回來的婆娑樹，就種在碩妃殿後的琉璃寶塔旁。