吳綺莉與女兒吳卓林自2015年關係開始起變化，近年更時好時壞，多次發生衝突，需要警方及社工介入。
2015年3月，有指吳卓林因向學校聲稱遭母拍打肚部，校方以安全為由報警，期間卓林曾離家到契媽家中暫住。直至4月初，卓林返家與母親團聚，更指「同媽咪冇嘢」。不過返家不足一個月後，有傳卓林因吳綺莉飲酒問題再起爭執，更拒絕回家，入住社工安排的地方。
2015年6月，吳綺莉在公開場合自爆卓林因受同學情緒問題影響而在家「鎅手」，心痛女兒的她送女兒到醫院求醫。之後，兩母女關係曾一度好轉，卓林除為吳綺莉主持的電台節目擔任嘉賓外，又不時兩母女行街。2016年9月，吳綺莉生日時更與卓林互餵蛋糕，場面溫馨。
2017年3月，吳綺莉因涉嫌刑事恐嚇被捕，據知卓林聲稱被人以言語恐嚇，期間卓林坦言會離港。吳綺莉開記者會，聲淚俱下呼籲女兒回家。翌月，在泰國旅行的卓林突然返港，有傳她自殘而入院，期間吳綺莉多次殘爆現身探女。同年6月，母女再度和好如初，卓林返家居住，吳綺莉則指有向女兒講對唔住，忽略女兒的感受。同年10月，卓林在社交網宣布「出櫃」，事後吳綺莉坦言無論如何會支持女兒。