感情生活低調的馬清儀,據知早年曾和一名美國商人結婚,而她也曾受訪大談戀情,指因自己經營營養食物生意而認識對方,因志趣相投而墮入愛河,而婚後丈夫更支持其演藝事業,惟婚姻只維持數年告終。馬清儀多年來緋聞不多,曾經跟劉家傑傳過緋聞,惟馬清儀則稱是朋友關係。
1995年馬清儀被傳跟當時的無綫高層趙崇文拍拖,雙方未有承認,而馬清儀更被拍得駕駛趙崇文的座駕出入電視城,並使用對方的專屬車位,當時她解釋只是「貪方便」而用該車位。