金馬獎被視為台灣最具代表性的電影頒獎禮，備受兩岸三地熱切關注，賽果自然亦少不免會惹來爭議。歷年來爭議多多，入圍的、落敗的、甚至作品提名項目數量未如期望的，都曾明示暗示對金馬獎的不滿。
台灣導演蔡明亮的作品《黑眼圈》入圍2006年金馬獎最佳女配角及音效獎，但當時評審團主席張昌彥指評審偏好感動觀眾的電影，而非沉迷個人風格之作，此話令蔡明亮不滿宣布永久不參與金馬獎。不過暫別三年後他再戰金馬，去年更憑《郊遊》奪「最佳導演獎」。
2010年阮經天憑台灣片《艋舺》首奪金馬影帝，擊敗賽前大熱，憑《十月圍城》獲提名的王學圻。事後王學圻的經理人穆曉光狠批最佳男主角的評審暗藏「黑幕」。
台灣藝人藍正龍2011年在金馬獎頒獎典禮上，以頒獎嘉賓身份揭曉「最佳攝影獎」。本支持入圍攝影師秦鼎昌的他，發現得獎者是《讓子彈飛》的趙非時，突然黑面爆出：「這不準嘛。」惹來大量網友於其微博炮轟。