日本立命館大學歷史都市防災研究所教授高橋學表示，是次地震屬內陸直下型地震，可能會造成太平洋板塊和菲律賓板塊，沉到北美板塊和歐亞板塊之下。這可能會引發兩種情形，一是陷下去的板塊熔成熔岩，引致大型火山爆發；另一則是下沉的板塊速度過快，使太平洋板塊和菲律賓板塊斷裂，引致南海海溝地震，並引發海嘯，繼而危及台灣、沖繩、西日本和東日本的一部分，受害人數恐高達五十萬人。
此外，京都大學地震學平原和朗認為，今次熊本地震可能會引發大分縣別府的萬年山斷層帶連動，或可能引發長期的南海海溝大地震。另外，日本氣象廳表示，熊本地震達三點五級以上的餘震次數，是破紀錄的一百六十五次。