東京車站為當地主要車站，貫通JR、地下鐵等多條鐵路。曾有人針對東京都內鐵路犯案，較轟動的是一九九五年沙林毒氣事件。奧姆真理教教主麻原彰晃發動恐襲，教徒在會途經東京車站、新宿站等路線的列車上散布沙林毒氣，造成十三人死數千人傷。