1996年5月：呼和浩特市中級人民法院認定呼格吉勒圖犯流氓罪、故意殺人罪，判處死刑。呼格吉勒圖不服上訴。
1996年6月5日：內蒙古自治區高級人民法院二審維持原判。
1996年6月10日：呼格吉勒圖被執行槍決。
2005年10月：涉嫌多宗強姦、搶劫及殺人案的疑犯趙志紅落網後，主動承認是1996年公廁殺人案兇手。
2006年3月:內蒙古政法委組成案件覆核組對案件進行調查。同年8月覆核結論指「呼格吉勒圖案」確為冤案。
2014年11月19日：內蒙古高院決定立案再審「呼格吉勒圖案」。
2014年12月15日：內蒙古高院再審判決呼格吉勒圖無罪。