今次總統大選共有廿三人登記參選，但最高總統選舉委員會指，去年三月才出獄的沙特爾，未符合候選人須在出獄後至少六年方可參選的法例。蘇萊曼則因未取得足夠參選提名，故被取消資格。另一名被取消參選資格的薩拉菲派政黨領導人伊斯梅爾，則被指因其已故母親擁有美國國籍，不符合參選人、其妻子和父母均須為埃及籍的法例規定。被取消資格的參選人可於四十八小時內上訴。
團體轟有違憲法
由於其他參選人中亦有人曾被法院判處監禁或家人擁有外國國籍，故上述三人被取消資格引發爭議。沙特爾和穆斯林兄弟會均批評當局取消他的參選資格是政治決定，有違憲法。