食用色素主要分為人造及天然色素，後者來自植物、動物和微生物等，但不一定比人造色素安全。天然礦石中或含較多重金屬，部分植物可能有毒，令提煉出來的天然色素有可能變得有害；提取天然色素時用的溶劑亦有機會殘留產品中。天然色素一般要使用較大分量才達滿意效果，但若色素本身含微量有毒物質，使用量大就會影響健康。